1. El Parque Nacional El Imposible, que posee la mayor biodiversidad en el país, está ubicado en el departamento de Ahuachapán, sobre la Sierra de Apaneca Ilamatepeque
2. El Parque Nacional Montecristo, ubicado en el municipio de Metapán, departamento de Santa Ana, tiene una extensión de 1,973 hectáreas de bosque nebuloso.
Forma parte de la Reserva de la Biosfera Transfronteriza Trifinio Fraternidad, según el reconocimiento otorgado por la Unesco en 2011.
Montecristo es una de las áreas naturales protegidas más visitadas debido a su belleza escénica y la riqueza de su biodiversidad.
3. Área Natural Protegida El Playón, ubicada en el departamento de La Libertad, entre los municipios de Quezaltepeque y San Juan Opico, tiene una extensión de 1,592 hectáreas.
Ubicada a 30 minutos de San Salvador, esta área natural posee una gran biodiversidad y su principal función es la captación y recarga hídrica.
Al recorrerla se puede observar fauna variada como iguanas, garrobos, mapaches, cusucos, zorras, culebras, gatos zonte (este se encuentra en peligro de extinción); además de aves como pericos, gavilanes y águilas.
También se pueden observar pájaros migratorios como el ave de siete colores y los azulejos, que encuentran un hábitat perfecto para anidar.
La zona boscosa incluye conacastes, cedros, chilamates, caobas y cortés blanco, entre otros.
4. El Parque Nacional Los Volcanes es un área natural protegida que comprende tres de los 14 volcanes “jóvenes” de la Cordillera Apaneca-Ilamatepec: volcán de Santa Ana, Izalco y Cerro Verde, en los departamentos de Santa Ana y Sonsonate.
El parque ofrece un escenario de amplia diversidad de flora y fauna, con bosques nebulosos, vegetación sobre lava y una laguna sulfurosa.
Los Volcanes cuenta con una extensión de 4,500 hectáreas, entre tierras estatales, municipales y privadas, y elevaciones que van de los 500 a los 2,381 metros sobre el nivel del mar.
5. Área Natural Protegida Conchagua, en el departamento de La Unión, ofrece impresionantes vistas panorámicas de las comunidades y las islas del Golfo de Fonseca, como las islas Meanguera y Conchagüita.